Kann´s Dir nicht genau sagen, ABER bevor das Update dann final von Dir manuell installiert wird (dauert ca. 20-30min), kommen "zuvor" einige Warnmeldungen (egal ob was verändert wurde oder nicht), unter anderem auch, dass Veränderungen welche selbst vorgenommen wurden ggf. verworfen werden und falls nicht, diese Schaden am Fahrzeug hervorrufen können.
Es geht also nicht von alleine los, da du ca. 20-30 Minuten dein Auto während des Updates dann nicht fahren kannst. Nicht wie beim Windows-Update wo dann plötzlich der PC neu startet 
Was du mal noch schauen kannst, ob bei den Update Optionen ein Haken gesetzt ist mit "Auto-Update". Bei mir war es auf jeden fall so, dass ich es manuel anstoßen musste.
Nach dem Update würde ich an deiner Stelle erstmal sicher gehen, dass jegliche selbstgetätigte Veränderungen auch auch mit der neuen BMW Software Version kompatibel bzw. getestet sind (Stichwort interne API), da man ja nicht genau weiß, auf welche Parameter (neu/alt/verändert) die neue Software dann zugreift um einen anderen Steuervorgang zusätzlich zu veranlassen.
VG
Christoph